Дело в том, что Каракалпакстан имеет своеобразные договорные отношения с Узбекистаном. 14 декабря 1990 года на сессии Верховного совета Каракалпакской АССР была подписана Декларация о государственном суверенитете, предполагавшая полную независимость государства, которой можно было достигнуть через проведение общереспубликанского референдума. В 1993 году подписан межгосударственный договор сроком на 20 лет о вхождении Республики Каракалпакстан в состав Узбекистана. В договоре закреплено право выхода автономной республики из Узбекистана путём проведения референдума.
Эта норма есть и в действующей конституции Республики Узбекистан: Согласно 70-й статье, «суверенная Республика Каракалпакстан входит в состав Республики Узбекистан, и суверенитет Республики Каракалпакстан охраняется Республикой Узбекистан», согласно 71-й статье, «Республика Каракалпакстан имеет свою Конституцию и согласно 74-й статье, «Республика Каракалпакстан обладает полным правом выхода из состава Республики Узбекистан на основании всеобщего референдума народа Каракалпакстана».
Естественно, руководство автономии со средины 1990-х гг всецело находилось под контролем Ташкента и не помышляло ни о каком референдуме с выходом из состава Узбекистана. Это была мертвая, но символическая для каракалпаков, конституционная норма.
В то же время, в республике ощущалось некоторое межэтническое напряжение.
В 2010 году в каракалпакском районном центре Чимбай, на заводе «Чимбой май», производившем хлопковое масло и комбикорма, произошли беспорядки на этнической почве. Поводом стало решение демонтировать оборудование предприятия и вывоз его в соседнюю Хорезмскую область Узбекистана. В ответ рабочие завода под антиузбекскими лозунгами устроили драку с приезжими. Властям пришлось вызывать на место конфликта спецназ. Демонтаж в итоге был свернут.
Недобавляла популярности Ташкенту и национальная политика в отношении каракалпаков. В 2017 году пошло переселение узбеков из Ферганской долины, из трех областей: Наманган, Фергана и Андижан в Каракалпакстан. Им давали лучшую землю и право открывать бизнеса. Как говорит один из активистов Ерман Ескендиров, местных жителей не берут на хорошие места. В основном везут работников из других регионов.
Прогнозные запасы углеводородов в районе Аральского бассейна оцениваются в 300 млн т нефти и 480 млрд куб. м газа. Но в нефтегазовой отрасли каракалпаков почти нет. Это явно не нравилось местным.
Сегодня Каракалпакстан – это один из наиболее депрессивных регионов Узбекистана. Массовая безработица местных, экологические проблемы, связанные с осушением Аральского моря, низкий образовательный уровень населения и пр. Из-за социальных проблем в регионе люди вынуждены отправляться на заработки в Казахстан и Россию. На 2014 год из Каракалпакстана эмигрировало более 250 тысяч этнических каракалпаков – в основном в соседний Казахстан. Всего в Каракалпакстане проживает 1 миллион 700 тысяч человек. Из них 32% – каракалпаки, 32% – узбеки, остальные – казахи и представители других народов.