Успішно закінчивши Віленський єзуїтський колегіум, Пилип Орлик вступив до Києво-Могилянської колегії (академією тоді цей навчальний заклад ще не став). Вчився юнак дуже добре, був найкращим спудеєм на своєму курсі, прекрасно володів українською, польською, церковнослов’янською, болгарською, італійською та іншими мовами. Не дивно, що ним постійно опікувався професор філософії Степан Яворський, який вважав цього учня чи не найздібнішим з усіх і сподівався П. Орлика згодом побачити викладачем цього тоді вже надзвичайно престижного навчального закладу, власне, бачив його своїм духовним спадкоємцем. Саме завдяки протекції Яворського, Пилип Орлик став кафедральним писарем (1698 – 1700 рр.) Київської митрополії. Так почалася його блискуча кар’єра.
Високий рівень освіти, закладений Віленським єзуїтським та Київським колегіумах, забезпечив П. Орлику швидке просування щаблями кар’єрного росту: вже у 1700 р. П. Орлик стає писарем Генеральної військової канцелярії, а в 1706 р. посідає місце генерального писаря. Знайомство з гетьманом І. Мазепою дало П. Орлику дуже багато. І. Мазепа помітив його ще відтоді, як юний Пилип Орлик склав надзвичайно гарного панегірика на честь цього гетьмана (1695 р.). Як відомо, Іван Мазепа сам захоплювався літературною творчістю, навіть написав кілька літературних шедеврів, які дійшли до наших часів, а тому сприйняв поетичний дар свого канцеляриста з великою прихильністю й вирішив, що цього хлопця надалі треба мати на увазі. Тож незабаром Пилип Орлик уже входив до найближчого кола однодумців Івана Мазепи, навіть належав до числа його повірених («конфідентів») і виконував обов’язки особистого секретаря гетьмана. Саме П. Орлика гетьман І. Мазепа відправив до Москви як гінця і дипломата. Старий гетьман був твердо упевнений, що саме П. Орлик зуміє переконати оточення Петра І, що всі ті доноси, якими засипають царську канцелярію Кочубей, Іскра та інші Мазепині недоброзичливці, – усього лише підлий наклеп на гетьмана. Як вдалося П. Орликові справитися з таким непростим завданням, таємниця. Але для цього дійства непростого дійства треба було неабиякого дипломатичного хисту, адже аж до остаточного приєднання Мазепи до Карла XII Петро І та його оточення свято вірили, що Мазепа – їхній найвірніший союзник.