Штаб-квартири якудзи виконували функції адміністративних і організаційних центрів. Там відбувалися зустрічі керівництва, приймали членів угруповань, підтримували зв'язки між підрозділами та проводили внутрішні церемонії. Наприклад, одна з найбільших японських організацій — Yamaguchi-gumi — мала штаб-квартиру в місті Кобе. Наявність таких приміщень не означала, що угруповання мало статус зареєстрованої юридичної особи. Воно існувало як фактична організаційна структура з керівництвом, членством, внутрішньою ієрархією та територіальними підрозділами.
Важливою складовою самоідентифікації якудзи була система внутрішніх цінностей. Представники угруповань традиційно апелювали до понять честі, вірності, обов'язку, дисципліни та взаємної підтримки. Особливе місце посідала модель відносин «оябун-кобун», яка передбачала зв'язок між старшим покровителем і молодшим підлеглим. Такі відносини символічно будувалися за принципом батьківсько-синівської спорідненості та передбачали взаємні зобов'язання, повагу й відданість.